Pesquisas em Micologia são desenvolvidas no Instituto de Botânica desde meados do século XX. Tiveram início em 1956 com a contratação do Dr. Alcides Ribeiro Teixeira, que foi diretor do Instituto, e que, com a criação da Seção de Criptógamos àquela época, trouxe o Dr. Oswaldo Fidalgo e a Dra. Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo em 1960, os quais desenvolveram pesquisas em basidiomicetos. Ainda no início dos anos 60, foram contratados Dr. João Salvador Furtado e Dr. Adauto Ivo Milanez. O primeiro deu mais impulso ao estudo dos basidiomicetos e o segundo iniciou pesquisas em fungos aquáticos. Nos anos seguintes foram contratadas a Dra. Vera Lúcia Ramos Bononi, prosseguindo com estudos sobre basidiomicetos, e a Dra. Sandra Farto Botelho Trufem, que se especializou no grupo dos zigomicetos e mais tarde das micorrizas. Em 1969, foi criada a Seção de Micologia e Liquenologia (SML) que chegou a contar com oito pesquisadores científicos em 1988 e 11 em 1996, trabalhando com diferentes grupos de fungos. Com a reorganização estrutural de 2009 a SML passou para a denominação de Núcleo de Pesquisa em Micologia (NPM) e, atualmente, conta com nove pesquisadores.
Os fungos são organismos macro ou microscópicos importantes como decompositores, simbiontes e parasitas. São amplamente utilizados na indústria alimentícia e farmacêutica, além de alguns serem excelentes bioindicadores da qualidade ambiental. Boa parte das espécies ainda não teve sua presença constatada, tanto no estado de São Paulo como no Brasil, muito menos avaliada sua importância econômica e para os ecossistemas onde se encontram.
Uma das atribuições básicas dos pesquisadores do NPM é realizar pesquisas sobre a diversidade dos fungos que ocorrem nos diversos biomas do estado de São Paulo e no Brasil. Para tanto conta com pesquisadores capacitados a desenvolver estudos sobre Taxonomia, Sistemática e Ecologia de organismos aquáticos, fungos terrestres microscópicos e macroscópicos e fungos liquenizados. Os pesquisadores do NPM vêm desenvolvendo projetos científicos sobre a avaliação do impacto das atividades humanas sobre os ecossistemas, tais como a poluição aérea, aquática e do solo; estudos biotecnológicos, tais como a resistência a agentes poluidores e a capacidade de biorremediação de solos contaminados, contribuindo para o desenvolvimento de soluções alternativas para a recuperação e preservação do meio ambiente. A equipe de pesquisadores está capacitada a realizar trabalhos que contribuem para a ampliação do conhecimento da diversidade de fungos, abrangendo a descrição de novas espécies para a Ciência e, mais recentemente, incluindo Biologia Molecular como relevante ferramenta complementar nesses estudos.
A equipe também está qualificada para treinar estagiários de capacitação técnica, orientar estagiários de iniciação científica (incluindo monografias de conclusão de cursos de graduação), ministrar disciplinas de pós-graduação e orientar alunos de mestrado, doutorado e pós-doutorado tanto do Programa de Pós-Graduação do Instituto de Botânica quanto de outras instituições de ensino superior no Brasil.
O NPM abriga e é responsável pelo Herbário de Fungos, parte do Herbário Científico Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo (SP), onde estão depositadas mais de 30.000 exsicatas que documentam a biodiversidade fúngica (incluindo fungos liquenizados) existente nos ecossistemas brasileiros e do mundo, e ainda preserva parte da Coleção de Culturas de Algas, Cianobactérias e Fungos (CCIBt), constituída por cerca de 1.500 espécimes de fungos terrestres e aquáticos, que estão disponíveis para fins didáticos e de pesquisa científica.