O Instituto de Botânica é instituição de pesquisas científicas na área da botânica, da Secretaria de Infraestrutura e Meio Ambiente do Estado de São Paulo.
Tem as suas origens no Departamento de Botânica do Estado criado pelo Decreto nº 9715 de 9/11/1938 e subordinado à Secretaria de Agricultura e Abastecimento, pelo Decreto 12499, de 7/01/1942. Em 1987, sem alterações, foi transferido para a Secretaria de Estado do Meio Ambiente, onde se encontra até a presente data.
Além de sua sede, Reserva Biológica e Jardim Botânico, situados dentro do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga, bairro da Água Funda, na capital do Estado de São Paulo, o Instituto de Botânica possui duas outras Unidades de Conservação, representando os biomas principais do Estado: Mata Atlântica (Reserva Biológica do Alto da Serra de Paranapiacaba) e Cerrado (Reserva Biológica e Estação Experimental de Mogi Guaçu).
A missão institucional do Instituto de Botânica é o desenvolvimento de pesquisas botânicas visando subsidiar a política ambiental do Estado de São Paulo, objetivando:

1 – Realização de estudos botânicos nos aspectos de levantamento florístico, sistemática, fisiologia, bioquímica, morfologia, anatomia, ecologia e utilização, com ênfase na área do Estado de São Paulo.

2 – Realização de pesquisas sobre a flora em áreas de vegetação nativa, sujeitas a impactos ambientais ou degradadas, com vistas à preservação, recuperação e utilização racional dos recursos vegetais.

3 – Manutenção e desenvolvimento do Herbário Científico do Estado “Maria Eneyda P. Kauffman Fidalgo”, bem como as coleções vivas do Jardim Botânico do Estado de São Paulo por meio de pesquisas e atividades de Educação Ambiental dirigidas ao público em geral, estudantes e professores.

4 – Realização de estágios e cursos de capacitação, aperfeiçoamento, especialização e pós-graduação.

5 – Assistência a bolsistas e pesquisadores nacionais e estrangeiros e manutenção de intercâmbio científico no país e no exterior.

6 – Atendimento, inserindo-se na comunidade, às demandas externas oficiais e particulares, no seu campo de atuação.

7 – Colaboração na elaboração e na execução da Política Estadual de Meio Ambiente.

8 – Divulgação dos conhecimentos adquiridos à comunidade científica, professores, estudantes e público em geral.